I am in a dilemma

随着我对微生物组多热情日益增加，我目前处于一个很犹豫的状态：是继续在分子生物学领悟摩拳擦掌还是转移到computational microbiology/applied bioinformatics

Better to start off, keeping learning is the key

基于实验老鼠或是昆虫微生物组的当然非常有意义，揭示很多微生物介导的分子机理。就目前来看我是不可能完全转变成为一个软件开发师，research software engineer, 但是我觉得先去尝试接触一下吧，思考怎么用生物信息学科剖析肠道微生物组从而推动prebiotics产业是我目前最大的一个悬而未决的问题！（相信很多大佬也不知道这个答案）我先把这个放，让我们过五年十年再来看看。

Resources (Update:Jun 1, 2020)

1. An introduction to Applied Bioinformatics

这本教材由qiime的第一作者Gregory Caporaso撰写,完全开源，完全免费。用行动在致力于open data, transparent and reproducible science。他也是Qiime2的开发者，目前在North Arizona Univ任职。所以我认为任何想从纯微生物组学转到应用生物信息学，并且想做微生物组方面的研究，那么这个教材就是入门级神书了，可以用binder在线跑代码。

本书有三个章节（Fundementals,Applications,Excercies），定个timeline吧！一个月学完Fundementals， 再用两个星期学完后面的内容。

后面的资源我以后再来更新！

UPDATE: JULY 1, 2020 学完了第一个章节，和我之前想的有些不一样。生物信息得去了解一些数学的运算法则，熟悉Python语法，建构循环语句等等。对生物背景的知识要求不多，很容易pick up。其实，我之前想的是运用别人开发好了的 程序，如果别人已经把代码开发好了，只需要俺等生物学家们那数据去跑那岂不是更高效。 除非我们想做的东西，目前还没有人开发出相应的生物信息算法。 这就是我暂时的想法——不去开发，而去去学习已有程序的功能及其在微生物领域的运用。